Ένα από τα ευρέως χρησιμοποιούμενα υποκαπνιστικά για τον έλεγχο της μύγας των φρούτων είναι το μεθυλοβρωμίδιο. Ωστόσο, λόγω της δυνατότητας καταστροφής του όζοντος, εναλλακτικές λύσεις όπως το σουλφουρυλοφθορίδιο και η φωσφίνη χρησιμοποιούνται όλο και περισσότερο. Αυτά τα υποκαπνιστικά είναι εξαιρετικά αποτελεσματικά στη θανάτωση μυγών φρούτων και μπορούν επίσης να φτάσουν σε περιοχές που μπορεί να είναι δύσκολο να προσπελαστούν με άλλες μεθόδους ελέγχου παρασίτων.
Ο υποκαπνισμός είναι μια εξειδικευμένη διαδικασία και απαιτεί κατάλληλη εκπαίδευση και μέτρα ασφαλείας. Θα πρέπει να πραγματοποιείται μόνο από εκπαιδευμένους επαγγελματίες ελέγχου παρασίτων που κατανοούν τους κινδύνους που συνδέονται με τα υποκαπνιστικά και διαθέτουν τον απαραίτητο εξοπλισμό ασφαλείας. Επιπλέον, ο χώρος που πρόκειται να υποκαπνιστεί πρέπει να σφραγιστεί αποτελεσματικά για να αποτραπεί η διαφυγή των υποκαπνιστών και πρέπει να λαμβάνονται επαρκείς προφυλάξεις για να διασφαλιστεί η ασφάλεια των επιβαινόντων σε κοντινές περιοχές.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι, ενώ ο υποκαπνισμός μπορεί να είναι αποτελεσματικός στον έλεγχο των μυγών των φρούτων, θα πρέπει να χρησιμοποιείται ως μέρος μιας στρατηγικής ολοκληρωμένης διαχείρισης παρασίτων (IPM), η οποία μπορεί να περιλαμβάνει άλλες μεθόδους όπως αποκλεισμό, υγιεινή και πολιτιστικούς ελέγχους, για την επίτευξη μακροχρόνιων αποτελέσματα και ελαχιστοποίηση της εξάρτησης από χημικές επεξεργασίες.